インボイス

2026年10月からインボイス経過措置が変更。フリーランスエージェントの対応方針から見るSE・フリーランスへの影響

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はじめに 2023年10月のインボイス制度開始以降、免税事業者(インボイス未登録の事業者)からの仕入れについては、一定期間の経過措置が設けられています。 この経過措置の控除率が、2026年10月から段階的に引き下げられることをご存じでしょうか。 これに伴い、フリーランスエンジニア向けエージェントのギークスが、免税事業者パートナーへの消費税相当額の補填方針を見直すことを発表しました。 本記事では、経過措置の制度変更の内容と、ギークスの対応方針を例に、フリーランスSEが受ける実務上の影響を整理します。 インボイス経過措置とは インボイス制度では、適格請求書発行事業者(インボイス発行事業者)でない免税事業者からの仕入れは、原則として仕入税額控除の対象になりません。 ただし、制度導入による急激な負担増を緩和するため、以下のような経過措置が設けられています。 期間 免税事業者からの仕入れに対する控除率 2023年10月〜2026年9月 80% 2026年10月〜2028年9月 70% 2028年10月〜2030年9月 50% 2030年10月〜2031年9月 30% 2031年10月〜 0% 発注側企業が免税事業者に支払った消費税相当額のうち、控除できる割合が段階的に引き下げられます。 これにより、発注側企業が実質的に負担する消費税額(控除できない分)が増えることになります。 ギークスの対応方針 ギークスはこれまで、免税事業者であるフリーランスパートナーに対し、本来控除できない消費税相当分を特別措置として全額補填してきました。 しかし今回の経過措置変更を受けて、以下の方針転換を発表しています。 対象: 適格請求書発行事業者の登録をしていない(免税事業者の)パートナー 変更内容: 仕入税額控除が制限される分(消費税相当額の30%)を差し引いた金額で支払い 適用開始: 2026年10月稼働分(11月支払い分)から ギークスはこの見直しについて「他社を含めた市場の標準的な精算ルールに準拠するため」としており、制度上の経過措置の段階的移行に合わせた対応であると説明しています。 参考資料: インボイス制度の改正について(国税庁) 単価50万円の場合の計算例 実際にどの程度の減額になるのか、単価50万円(税抜)のケースで試算してみます。 項目 金額 元の税抜単価 500,000円 元の税込金額 550,000円 控除できない消費税の30%分 15,000円 調整後の税抜金額 485,000円 調整後の消費税(10%) 48,500円 調整後の税込金額(振込額) 533,500円 このケースでは、月額16,500円の実質減額となります。 単価が上がるほど減額幅も大きくなるため、高単価案件を扱う免税事業者ほど影響が大きくなる点に注意が必要です。