2026年10月からインボイス経過措置が変更。フリーランスエージェントの対応方針から見るSE・フリーランスへの影響

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はじめに

2023年10月のインボイス制度開始以降、免税事業者（インボイス未登録の事業者）からの仕入れについては、一定期間の経過措置が設けられています。この経過措置の控除率が、2026年10月から段階的に引き下げられることをご存じでしょうか。

これに伴い、フリーランスエンジニア向けエージェントのギークスが、免税事業者パートナーへの消費税相当額の補填方針を見直すことを発表しました。本記事では、経過措置の制度変更の内容と、ギークスの対応方針を例に、フリーランスSEが受ける実務上の影響を整理します。

インボイス制度では、適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）でない免税事業者からの仕入れは、原則として仕入税額控除の対象になりません。ただし、制度導入による急激な負担増を緩和するため、以下のような経過措置が設けられています。

発注側企業が免税事業者に支払った消費税相当額のうち、控除できる割合が段階的に引き下げられます。
これにより、発注側企業が実質的に負担する消費税額（控除できない分）が増えることになります。

ギークスはこれまで、免税事業者であるフリーランスパートナーに対し、本来控除できない消費税相当分を特別措置として全額補填してきました。
しかし今回の経過措置変更を受けて、以下の方針転換を発表しています。

ギークスはこの見直しについて「他社を含めた市場の標準的な精算ルールに準拠するため」としており、制度上の経過措置の段階的移行に合わせた対応であると説明しています。

実際にどの程度の減額になるのか、単価50万円（税抜）のケースで試算してみます。

このケースでは、月額16,500円の実質減額となります。単価が上がるほど減額幅も大きくなるため、高単価案件を扱う免税事業者ほど影響が大きくなる点に注意が必要です。

この変更はギークス固有のものではなく、経過措置という国の制度変更に起因するものです。そのため、他のエージェントや取引先でも同様の見直しが今後広がる可能性があります。
免税事業者のフリーランスSEは、以下の対応を検討しておくとよいでしょう。

取引先エージェント・クライアントへの確認: 自身が契約しているエージェントや直接取引先が、経過措置変更に伴う精算ルール見直しを予定していないか確認する
適格請求書発行事業者への登録検討: 消費税相当額を今後も全額受け取りたい場合は、インボイス発行事業者への登録を検討する（登録すると自身が消費税の納税義務を負う点に注意）
単価交渉材料としての把握: 控除率引き下げによる減額分を把握し、必要であれば単価交渉の材料とする

2026年10月から、免税事業者からの仕入れに対する経過措置の控除率が80%から50%へ引き下げられます。ギークスはこれに合わせて、免税事業者パートナーへの消費税相当額の特別補填を終了し、控除制限分を差し引いた支払いへ移行することを発表しました。

制度変更の情報は今後もアップデートされる可能性があるため、国税庁の公式情報や取引先からの案内を継続的に確認しておきましょう。